Variant Delta : tout ce qu’il faut savoir

Traduction de l’article « Delta Variant : Everything You Need to Know » de Tomas Pueyo

Je ne pense pas que les gens prêtent suffisamment attention au variant Delta, et je n’ai lu aucun papier qui ait fait la synthèse de tout ce que je voulais savoir. Le voilà donc. J’espère qu’il vous aidera à être mieux informé et préparé.


Les cas augmentent de façon exponentielle dans le monde entier. Encore.

Si vous ne savez pas où ça conduit, un rappel historique pourrait aider. L’Inde a été éprouvée par environ deux millions de décès COVID, la plus grande part d’entre eux sont survenus durant la dernière explosion due au variant Delta.

Des victimes du COVID-19 sont incinérées dans des « bûchers funéraires » à New Delhi.

Et si vous pensez que l’Europe ou les Etats-Unis seront épargnés, cette vidéo compare les cas en Europe en Juillet 2021 et de Juillet à Novembre 2020. Voir cette vidéo

De même qu’à l’été 2020, certaines zones au pourtour de l’Europe sont devenues des foyers d’infection en Juillet, et par la suite, les cas se sont répandus partout, pour former une nouvelle vague.

Ceci, notons-le, se produit alors que plus de 50% des Britanniques sont vaccinés, ainsi que plus de 40% des populations des pays européens de ce graphique :

Il se produit actuellement quelque chose de similaire aux Etats-Unis.

Et quel que soit le lieu où cela se produit, le variant Delta est en cause. C’est ce à quoi assistent diverses régions du Royaume-Uni (en rose, le variant Delta).

Au Royaume-Uni, ce variant est le responsable de 99% des cas au début de Juillet 2021. Aux Etats-Unis, il concerne seulement 50% des cas environ, ce qui signifie que l’augmentation des nouveaux cas va encore s’accélérer.

Pourquoi le variant Delta croît-il si rapidement ? Est-ce qu’il sera partout aussi néfaste qu’en Inde ? Tout cela était-il prévisible ? Que faudrait-il faire ?

Pour répondre à ces questions, nous devons commencer par poser les bases : le R et les taux de létalité.

A quel point le variant Delta est-il méchant ?

Transmissibilité

Le variant de Coronavirus originel a un R0 d’environ 2, 71. Alpha – le « variant anglais » qui a provoqué un pic vers Noël – est environ 60% plus contagieux. Maintenant, il semble que Delta est environ 60% plus transmissible encore. Selon le calcul utilisé, cela mettrait le R0 de Delta entre 4 et 9, ce qui pourrait le rendre plus contagieux que la variole. Pour vous donner un aperçu des conséquences dramatiques d’une telle augmentation de R, voici où deux mois de propagation vous entraînent avec le premier taux de transmission de 2,7, comparé au R de 6 :

C’est pourquoi tant de graphiques de cas ressemblent à des fusées en ce moment. Delta est très contagieux.

Apparemment, un individu en Australie a été infecté par Delta juste en croisant une personne infectée, la rencontre ayant duré 5 à 10 secondes. Quoique ce soit probablement un cas très particulier, et que nous ne devons pas avoir peur de croiser des gens en pratique, cela montre à quel point Delta est plus transmissible.

La protéine spike du virus, en rouge, se lie au récepteur d’une cellule humaine (en bleu). Les petits chiffres blancs montrent les principales mutations de Delta.

Voilà donc ce qu’il en est des taux de transmission. Qu’en est-il des taux de létalité ?

Taux de létalité

Il semble que le risque de décès est deux fois plus élevé pour Delta que pour le variant originel :

Mesuré par le risque d’hospitalisation, d’admission en unité de soins intensifs, et de décès. Comparé aux souches non-VOC SARS-COV-2, en ajustant selon les comorbidités, l’âge et le sexe des cas, et les tendances temporelles, l’élévation du risque associé aux variants N Y-positifs était de 74% (62-86%)pour l’hospitalisation ; 138% (105-176%) pour l’admission en soins intensifs ; et 83% (57%-114%) pour les décès. Les augmentations avec le variant Delta étaient plus importantes encore : 105% (80-133%) pour les hospitalisations ; 241% (163-344%) pour les admissions en soins intensifs ; et 121 % (57-211%) pour les décès. L’augmentation progressive de transmissibilité et de virulences des variants de SARS-COV 2 s’oriente vers une pandémie significativement plus vaste, et plus mortelle.

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.05.21260050v1

Pour remettre cela dans son contexte, attraper le COVID originel doublait, approximativement, votre risque de mourir quel que soit votre âge. Ce qui signifie qu’attraper le variant Delta le multiplie, approximativement, par trois.

Pourquoi est-il plus mortel ? Les virus ne sont-ils pas censés évoluer en des formes moins virulentes avec le temps ? C’est clairement ce qu’on pensait avant l’apparition d’Alpha. J’ai expliqué pourquoi c’était peu probable.

Image

La nouvelle souche de Covid est plus transmissible. Sera-t-elle plus mortelle ?

Beaucoup pensent que non : « Si un virus tue plus rapidement, il a moins d’opportunités de se répandre. C’est le rapport transmission-virulence. »

Malheureusement, c’est par trop simpliste.

Malheureusement, il s’est trouvé que j’avais raison. L’explication courte, c’est que les virus qui tendent à l’emporter le font parce qu’ils se reproduisent plus vite. Tel virus se développera plus vite chez un individu, et rendra cette personne plus contagieuse plus rapidement. Il tuera aussi cette personne plus rapidement.

Avec d’autres maladies comme Ebola, tuer plus rapidement signifie trop rapidement pour infecter beaucoup d’autres sujets, par conséquent ce type de virus ne prévaut pas. Seuls ceux qui au même moment évoluent pour être moins mortels l’emportent. Mais en ce qui concerne COVID, dans notre système de santé actuel, toutes les contaminations ont lieu tôt, bien avant le décès. Donc entraîner la mort plus vite n’a pas grand effet.

Alors, est-ce cela qui se produit avec Delta ? Ouais.

Une façon de le formuler est la charge virale. Plus elle est forte, plus le virus est présent. En Chine, on a estimé la charge virale de Delta 1 000 fois plus élevée que celle du variant originel.

Le plus frustrant est que c’était complètement prévisible, pas seulement en Décembre, mais même en Mars 2020.

Extrait de « The Hammer and the Dance », donc du 18 mars 2020. Il y a plus d’un an, et juste quelques semaines après Wuhan

Donc Delta, comme Alpha avant lui, est plus transmissible et plus létal ? Ces deux effets ont la même racine : le virus s’attache bien mieux aux cellules humaines, il se reproduit donc bien plus vite.

Est-ce que les gens meurent davantage, alors ? Pas en Grande-Bretagne.

Le taux de cas mortels (CFR) de Delta, là-bas, est de 0, 2%, alors que celui d’Alpha est de 1,9% ! Il est encore tôt, mais il semble qu’on devrait déjà avoir suffisamment de données pour le dire. La raison principale est probablement la vaccination. En Israël :

Via Eric Topol / Twitter

L’IFR (taux de létalité des infectés) pour le variant originel était autour de 0,01% pour les personnes dans la vingtaine et de 0,2% pour les personnes dans la quarantaine.

Selon l’âge des personnes désormais infectées actuellement, grâce aux vaccins, évidemment que le nouveau variant va tuer moins de monde ! Voilà pourquoi les vaccinations sont si importantes.

Quelle est l’efficacité des vaccins contre delta ?

Les meilleures données que nous ayons proviennent d’Israël, qui a utilisé le Pfizer.

Avant Delta, on constatait que la vaccination complète réduisait les infections, les hospitalisations, et les décès de respectivement 93%, 93% et 91%. La vaccination partielle était assez efficace, mais pas autant.

Maintenant, avec Delta, il semble que ces chiffres soient 64%, 93% et 93%, selon Israël, et 79% pour les infections symptomatiques, et 96% pour les hospitalisations, selon le Royaume-Uni.

Cela étant dit, Pfizer (et probablement Moderna, les deux étant des vaccins similaires, à ARNm) est probablement meilleur que le vaccin Astrazeneca (88% de protection contre une infection symptomatique contre 60% pour Astrazenaca).

Cela signifie que la protection contre les hospitalisations et les décès est quasi parfaite pour les vaccins à ARNm, mais peut-être pas contre les infections. Comment interpréter ces données ?

Si vous pensez à vous-même, c’est une très bonne nouvelle. Sans vaccination, un octogénaire pourrait avoir 10% de chance de mourir du COVID originel et, disons, 20% avec Delta. Maintenant, avec un vaccin à ARNm, il a 2% de chances de mourir s’il est infecté. Un trentenaire pourrait avoir un risque de 0,02% de mourir, bien moindre qu’avec la grippe. Donc, faites-vous vacciner dès que possible.

Si vous êtes un politicien, un épidémiologiste, ou un dirigeant, le calcul peut être différent, et dépend entièrement du type de vaccin utilisé parmi votre population, de son efficacité, du taux de transmission chez les personnes vaccinés, et de votre culture.

D’abord, combien de personnes devez-vous vacciner pour arrêter le virus ?

Le seuil d’immunité de groupe

Si on considère un R0 de 8 et une efficacité vaccinale de 90% contre la transmission, vous devez avoir vacciné au moins 90% de la population avant de pouvoir crier victoire. Aucun pays ne s’en approche.

Considérez que les vaccins à ARNm soient seulement efficaces à 60% contre les infections symptomatiques, et cela pourrait être plus bas pour d’autres vaccins. Si les personnes vaccinées qui développent des symptômes sont aussi contagieuses que les personnes non vaccinées symptomatiques, vous vous retrouvez dans une situation telle que même une vaccination totale n’arrêtera pas l’épidémie, et qu’il vous faut un vaccin spécifique contre Delta pour l’arrêter.

Prenons un exemple. Imaginez un pays qui a 50% de sa population vaccinée. Imaginez que le vaccin réduise la contagiosité de seulement 65%. Cela signifie que R serait abaissé de seulement 33% environ. Mais le R de Delta est deux à trois fois supérieur à celui du variant originel, donc au total R est désormais de 50 à 100% plus élevé qu’un an auparavant. Ces calculs ne sont pas précis, mais ils vous donnent une idée d’à quel point la situation sera pire comparée à celle de l’an passé.

Rappelez-vous que nous sommes en été, dans l’hémisphère Nord. Tout est plus facile actuellement comparé à ce que ce sera en Septembre ou Novembre.

Covid long

Je n’ai pas encore parlé du COVID long, mais il faut aussi y songer. Sans vaccin, environ 1 à 8 personnes infectées auront un COVID long. Cela posé, si la protection est la même contre le COVID Long que contre la contagion, l’hospitalisation ou le décès, les COVID Longs diminueront de 15% des contagions à environ 1,4%. Il apparaît également que les vaccins peuvent réduire le Covid Long après coup. Il faut garder cela à l’esprit, mais je ne suis pas certain que je changerais de stratégie juste pour les Covid Longs. Les décès sont suffisants pour appréhender les inconvénients.


Points clés

Delta est un variant mortel. Il se répand comme un feu de forêt, et tue efficacement. Nous devons être prudents.

Si vous êtes un simple particulier

Si vous êtes vacciné, vous êtes à l’abri pour l’essentiel, surtout si vous avez reçu un vaccin à ARNm. Ne baissez pas la garde pour l’instant, évitez les événements qui peuvent entraîner des super-contaminations, mais ne vous inquiétez pas plus que ça.

Si vous n’êtes pas vaccinés, en revanche, le moment est bien plus dangereux que Mars 2020. Le taux de transmission est plus élevé qu’auparavant, et si vous attrapez le Delta, vous avez nettement plus de risques de mourir – ou de développer un COVID Long. Vous devez faire très attention, ne fréquenter que des personnes vaccinées, et éviter les événements dangereux.

Si vous êtes un dirigeant

Si vous êtes responsable d’une communauté, vous avez deux buts :

  1. Vacciner, vacciner, vacciner. La vie de votre communauté en dépend. Tout vaccin qui fonctionne vaut mieux qu’aucun vaccin. Si les gens veulent y échapper, essayez de les attirer à lui. La plupart ne sont pas des anti-vaccins, ils sont plutôt méfiants, ou ils ne voient tout simplement pas que le jeu en vaut la chandelle. Vous devez donc changer leur raisonnement. Lancez une loterie. Celle de l’Ohio, parmi les premières, n’a sans doute pas marché, mais le coût en est dérisoire comparé au coût en morts et la clôture économique de cet automne.
  2. Gardez Delta à distance autant que vous le pourrez durant le processus de vaccination. Une stratégie d’élimination sera la meilleure. De bonnes protections aux frontières et des programmes « tester-tracer-isoler » sont vos meilleurs outils. Les événements entraînant des contaminations massives doivent être évités. Les masques portés en intérieur et dans les foules devraient être obligatoires. Une bonne ventilation est un must.

Quoi qu’il en soit, si vous avez vacciné tous ceux qui veulent être vaccinés, et que les autres ne veulent tout simplement pas être vaccinés, alors le raisonnement change radicalement. Si votre pays accorde du prix à la liberté de son peuple de faire de mauvais choix (tant qu’ils n’affectent pas les autres), alors vous pouvez envisager d’ouvrir votre économie. Delta frappera les non-vaccinés, mais c’est leur droit. Peut-être que la réalité les frappera alors davantage.

Mais cela dépend vraiment de chaque société. Ouvrir sans vaccination complète entraînerait la contamination des vaccinés, environ 10% d’entre eux auraient un COVID long, et environ 0,3% mourraient.

C’est ici que chaque société doit décider. Disons que 40% ne veulent pas être vaccinés ? Est-ce que la liberté des 40% de ne pas se faire vacciner vaut les morts et les Covid Longs des vaccinés ? Est-ce que vous allez garder votre pays fermé jusqu’au vaccin de rappel ? Serez-vous capable de bien faire fonctionner vos programmes de barrières et de tester-tracer-isoler ?

Si vous êtes en charge de la stratégie de vaccination

Un R0 de 8, c’est mauvais pour l’immunité de groupe. Ça met le seuil à environ 90% de personnes protégées, ce qui est impossible à atteindre si les vaccins ne protègent d’une contamination qu’à 65%. Des rappels sont alors nécessaires. Accélérons donc les tests, les approbations, les mises sur le marché, et les déploiements.

Par ailleurs, encouragez les associations de vaccins. Dans la plupart des pays, si vous avez besoin d’un rappel, vous êtes assigné au même vaccin. Mais associer les types protège mieux et est aussi sûr que d’utiliser un seul type.

Vaccins : associez-les.

Nous devons comprendre que la seule raison de recommander deux doses pour certains vaccins est que c’est ce qu’on a testé, et que ça a fonctionné.

Cela ne veut pas dire que 2 doses est un idéal.

Cela ne veut pas dire que cette quantité est idéale.

Cela ne veut pas dire que 3 semaines d’écart est idéal.

Si vous êtes un pays en développement

Nous ne prêtons pas assez attention aux pays en développement. La majeure partie de la science et des médias traitent des lieux où il y a de l’argent, les économies développées.

Mais Delta est funeste aux pays en développement, surtout dans les zones densément urbanisées, où les pauvres sont forcés de travailler mais vivent dans des appartements clos avec beaucoup de personnes. L’Inde, l’Argentine, la Tunisie, l’Afrique du Sud et l’Indonésie en sont de bien tristes exemples.

Malheureusement, les pays pauvres ne peuvent pas actionner beaucoup de leviers. Ils ont tendance à avoir une population plus jeune, ce qui aide. Ce qui joue en leur faveur, est qu’ils ont souvent un climat plus chaud et plus humide, ce qui aide contre le COVID. De même, grâce à un climat plus doux, ils peuvent avoir plus d’événements en extérieur. Voilà de quoi ils peuvent tirer parti : tenez autant de rassemblement en extérieur que possible, tandis que vous faites tout votre possible pour vacciner votre population, et retardez autant que possible l’arrivée de Delta avec des barrières fortes.

Espérons que la production des vaccins continue de s’amplifier, et que le gens du monde entier pourront se faire vacciner avant l’automne.


1 Ce qui signifie que chaque personne infectée le transmet à 2,7 autres personnes. Si vous consultez GitHub et faites la moyenne de tous les calculs de R0 du premier variant, vous obtiendrez ce 2,7.

SOURCE : https://unchartedterritories.tomaspueyo.com/p/delta-variant-everything-you-need

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